父親の謎の失踪後、施設暮らしをしていたキット・テイラー。
１８歳の誕生日を機に家に戻ったキットは謎のカードデッキを発見、
突如として市民に襲い掛かるモンスターの姿が見えるようになる。
その日、モンスターニ襲われそうになった少女マヤを救おうとしたキットの前に、鏡の中から突如謎の男レンが現れ、
あっという間にモンスターを撃退してしまう。
レンは地球のパラレルワールドであるベンタラの戦士、
アドベントデッキによって特別な力を身につけた１２人の仮面ライダーの内の一人、ウイングナイトだ。
ベンタラに侵略してきた強大で邪悪なエイリアン、ゼイビアックス将軍との壮絶な戦いの末、
ライダーたちはレン一人を残して敗れ去り、ベンタラは征服されてしまった。
そして今、ゼイビアックスは次の目標を地球に定め侵略を開始した。
倒した仮面ライダー達から奪ったアドベントデッキを地球に持ち込んだゼイビアックスは、
地球人たちを仮面ライダーにし、自らの邪悪な計画を実行するための手先とする。
そして、地球侵略の唯一の障害となるウイングナイトの抹殺指令を出す。
父親の幻に導かれるままドラゴンと契約し、仮面ライダードラゴンナイトとなってしまったキット。
そして、ただ一人でゼイビアックスとの孤独な戦いを続けるレン。ベンタラと地球の未来をかけて、二人の戦士が共に立ち上がる…。
